АО «Транснефть – Сибирь» завершило подготовку водного транспорта к навигации 2018 года. одготовка осуществлялась в соответствии с ежегодным планом мероприятий. В настоящее время готовность флота к навигации составляет 100 процентов. Филиалы акционерного общества располагают 35 единицами водного транспорта, в числе которых 25 единиц самоходных судов: 8 буксиров, 10 служебно-разъездных катеров, водолазный бот, 5 судов на воздушной подушке, а также 10 единиц несамоходных судов (баржи).
Речной транспорт имеется в Уренгойском, Нижневартовском, Сургутском, Нефтеюганском, Урайском, Тобольском, Тюменском управлениях магистральных нефтепроводов Специализированном управлении по предупреждению и ликвидации аварий (СУПЛАВ). На территории юга Тюменской области и ХМАО-Югры АО «Транснефть – Сибирь» начинает навигацию с середины мая. В Уренгойском УМН (ЯНАО) навигация открывается с 1 июня.
Речной транспорт используется для перебазировки транспортных средств, специальной техники и технологического оборудования, а также для доставки специального персонала к месту обследования подводных переходов магистральных нефтепроводов. В основном навигация ведется на реках Пур, Таз, Обь, Иртыш, Конда, Тура, Тобол, Исеть, Тавда.